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棉籽经过剥壳机分离，棉仁用于榨油，剩下的外壳就是棉籽壳，也称棉皮（通常棉籽壳中另含有不孕籽）。根据剥壳机械的类型不同、棉花籽品种不同、产地不同、含水量不同、剥壳后碎棉仁粉过筛程度不同等。加工出来的棉籽壳的大小、颜色、棉绒长度、营养成份（含
棉仁粉）也不一样。 棉籽壳主要用于：养殖食药用菌、作为饲料、饲养牲畜等。
籽棉经过轧花机加工去除棉籽而得到皮棉，棉籽经过削绒机加工得到一道、二道、三道等短绒。削绒次数越多棉籽残留棉绒就越少此时棉籽称“光籽”反之残留棉绒多的称“毛籽”。光籽产的棉壳大都是小（少）绒壳或“铁壳”铁壳棉仁粉少的棉壳纤维素含量少而适用于栽培木腐菌；绒多棉仁粉多的棉壳纤维素含量多而适用于栽培草腐菌。棉籽壳被称为食药用菌的万能培养基。通常棉籽壳中另含有不孕籽
棉籽壳行内通常分为大、中、小壳或以棉绒量大小而分为大绒壳、中绒壳、小绒壳、绒极少的甚至称为“铁壳”。含绒量的多少取决于原料棉籽脱短绒时而定，如棉短绒行情价高畅销，厂商便会尽量多削去短绒。食用菌栽培中棉壳的大小就产量而言没有太大的差别。因为很多油厂产出大壳后加以粉碎便成了小壳以适应栽培要求。主要反映在食用菌栽培过程中会有装袋密度大小的技术性要求：小壳装袋密度太大会出现发菌通气不良；而大壳装袋时亦易使栽培袋破损。
在原料棉籽正常含水量同等时棉壳的颜色通常能看出棉壳质地好坏：如颜色发白（水分低呈干枯样，绒极少，）、手握紧有刺痛感、无或只有极少量碎棉仁粉是由于追求高生产效率而使用的对辊式剥壳机（加工脱酚棉蛋白时或棉仁回收率高时）破壳时棉仁粉碎率很低，至使含粉量低，当然影响颜色还有棉籽加工时的温度、工艺、过筛、以及破壳后存放的水份有关。此类棉壳西北部产量较多，新型机器加工的大型油厂基本都是。这种棉壳营养成份含量最差、价格低，适合种植木腐菌类。反之颜色呈正常白色、棕褐、黄色，（非棉籽水分高堆存时“烧坏”沤坏的黄色而是由于油粉多导致的黄色）等手握有棉绒软感、油腻感、碎棉仁粉多、用水适量搓洗水呈米汤色、乳白色等浓稠状，无不正常的沤坏味，（说明棉壳营养成份含量极高，相应出油量就低！通常是老式（磨盘、圆盘剥壳机)机器生产，此种棉壳长江流域、河南省等产区或老油厂较多。价格普遍较高，适合种植草腐菌或要求营养成份高的菌类。由于棉籽壳市场极不规范，购卖者需注意油厂有自备脱绒机和无脱绒设备两种：有脱绒设备的油厂生产过程中长时间会集中产生大量叫土绒或土飞绒的含有灰尘的短绒下脚料掺拌至棉壳中（虽然对棉壳营养成分没影响，现有厂粉碎后掺入，稍好），土绒纤维极细容易揉集成面包肉松团状且大块，食用菌栽培拌料容易造成混合不均匀。更有甚者短斤少两、掺杂泥沙，出壳口喷雾增加重量。