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天麻有性繁殖，即种子繁殖。这是防止天麻退化的主要途径之一。天麻种子微小，无胚乳仅由原胚细胞组成。它的萌发靠小菇属(Mycena)一类真菌菌丝侵染种胚提供营养，我们统称促进天麻种子萌发的这类真菌为天麻种子萌发菌。
萌发菌的种类：到目前为止，文献报疲乏的天麻种子萌发菌均属于小菇属(Mycena)的真菌，主要包括国内新记录种紫萁小菇(Mosmundicola)，3种新种分别为(Morchicola)、石斛小菇(Mdendrobii)和开唇小菇(Manoectochila)。上述天麻种子萌发菌已在室内、室外及有关天麻产推广生产，从近年对天麻种子发芽率及天麻产量影响的试验结果分析，以紫箕小菇伴播天麻种子发芽率了高，天麻民最高。目前，已广泛推广使用，石斛小菇也已进入实验推广阶段。
生物特性
一、腐生
小菇属一类真菌，多腐生于高山林间落叶上，对纤维素有强烈的分解能力，秋冬树叶脱落于地面，接触土表保湿的枯枝朽叶，小菇属真菌又可侵入具有生命力的天麻种子中，使种子共生萌发，因此小菇属一类真菌，主要营腐生生活，但也有兼性寄生的特性。
二、好气
小菇属等天麻种子共生萌发菌，是一类好气真菌，它们在森林中主要分布在林间枯枝落叶层及表层土壤中，在培养过程中发现，如果培养料装得太多或瓶盖太紧，不会影响到这类菌的生长，生长速度延缓，处长培养时间。
三、对天麻块茎无侵染能力
小菇属真菌，是一种弱寄生菌，它们只能侵染天麻种胚基部细胞。还没有观察到侵染天麻种子发芽的原球茎和营养繁殖茎、米麻、白麻。当蜜环菌侵入原球茎分化出的营养繁殖茎后，小菇属真菌和蜜环菌可同时存在于同一个营养繁殖茎中，其对天麻的营养作用逐渐被蜜环菌所代替。
四、温度对菌丝体生长的影响
萌发菌在15 ℃-30 ℃温度范围内均能生长。以25 ℃菌丝生长最快，低于20 ℃或高于25 ℃菌丝生长速度明显减漫。
五、基物含水量对萌发菌生长的影响
将锯木屑和麦麸按体积1：1混合，结果表明，不同菌株对基物含水量要求不同。一般适宜含水量为基物重量的100-200%。
六、PH值对萌发菌生长的影响
试验结果表明，在培养过程中PH值向酸性方向变化。中性及偏酸性条件均利于小菇属真菌菌丝生长，但以PH值5.0-5.5最适宜，碱性条件不利于菌丝生长。
萌发菌专题 日本人草野俊助曾于1911年发表了“天麻与蜜环菌共生”一文，尔后普遍认为，天麻在整个生长周期中，都离不开蜜环菌。据徐锦堂等研究，蜜环菌能和天麻块茎建立良好的共生关系，为天麻提供营养，但对天麻种子的萌发不仅没有促进作用，反而有抑制作用。他们从天麻种子发芽的原球茎中分离出紫萁小菇等真菌，这些真菌对天麻种子的萌发具有促进作用。近年来的试验表明，天麻种子是靠共生萌发真菌的菌丝侵染给天麻种胚提供营养。对天麻共生明发菌目前已研究得比较深入的是紫其小菇。
一、共生萌发菌紫萁小菇的形态特征
紫萁小菇的菌丝无色透明，有分隔;子实体散生或丛生，菌柄长0．8—3．1厘米；菌盖直径0．15—0．5厘米，发育前期半球形，灰色，密布白色鳞片，后平展，中部微突、灰褐色，边缘不规则，白色，甚薄，柔软，无味无臭,盖表细胞球形成宽椭圆形，有刺疣，13一19微米×10一15微米，菌褶白色、稀疏，9—32片，离生，放射状排列，不等长．缘侧密布具刺疣、梨形的囊状体，23—31微米×9-11微米；孢子无色、光滑，椭圆形，有微淀粉反应，7—8微米×5—6微米；菌柄直立,直径0．6毫米，中空、圆柱形,上部白色，基部褐色至黑褐色，稀疏散布白色鳞片，柄表细胞长形，具刺疣，基部着生在密市丛毛的圆盘基上。
二、紫萁小菇的生物学特性
紫萁小菇适宜生长的温度在20—28℃，28C以上对菌丝生长不利，30C菌丝停止生长；最适宜的含水量为100%或200%,随基物含水量的增加而生长逐渐减弱减慢;氢离子浓度在3163-10000纳摩/升(PH5-5.5)灾宜；培养基以基础培养基（磷酸二氢钾1.5克，硫酸镁3克，麸皮50克，维生素B110毫克，胡萝卜素1－3克，蒸馏水100毫升）加花生饼粉及麸皮，菌丝生长最好。
三、紫綦上菇与天麻种子共生萌发
紫萁小菇的菌丝从天麻胚柄细胞侵入胚体，侵入初期菌丝分布在胚柄上2－3层的胚细胞中。随着胚的发育，菌丝分别向胚体的两侧扩展。种子萌发至原球茎时，被菌丝侵染的细胞在原球茎基部呈“V”字形分布。凡被紫萁小菇菌丝侵染的种胚或原球茎细胞，其原生质及细胞器逐渐消失而出现许多不定形的囊状体，在种胚萌发至原球茎阶段，主要靠这种囊状体对紫萁小菇菌丝进行包围消化。试验证明，不仅在胚萌动初期，而是从种子发芽到原球茎生长并分化出营养繁殖茎的整个阶段，都需要消化侵入的紫萁小菇等萌发真菌以获得营养，发芽后的原球茎及营养茎，如能和蜜环菌建立起营养关系，才能正常生长，长出粗壮的新生天麻。
天麻种子萌发的最适温度与共生萌发菌生长的最适温度不相吻合，这可能与天麻种子的生物学特性密切相关，在栽培上，一方面地考虑共生萌发菌生长所需的条件，又要满足天麻种子发芽的温、湿度，才能提高种子发芽率及天麻产量。
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