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棉籽经过剥壳机分离，棉仁用于榨油，剩下的外壳就是棉籽壳，也称棉皮。根据剥壳机械的类型不同、棉花籽品种不同、产地不同、含水量不同、剥壳后碎棉仁粉过筛程度不同等。加工出来的棉籽壳的大小、颜色、棉绒长度、营养成份（含棉仁粉）也不一样。      棉籽壳主要用于：养殖食药用菌、作为饲料、牲畜饲养等。
籽棉经过轧花机加工去除棉籽而得到皮棉，棉籽经过削绒机加工得到一道、二道、三道等短绒。削绒次数越多棉籽残留棉绒就越少此时棉籽称“光籽”反之残留棉绒多的称“毛籽”。光籽产的棉壳大都是小（少）绒壳或“铁壳”铁壳棉仁粉少的棉壳纤维素含量少而适用于栽培木腐菌；绒多棉仁粉多的棉壳纤维素含量多而适用于栽培草腐菌。棉籽壳被称为食药用菌的万能培养基。
棉籽壳行内通常分为大、中、小壳或以棉绒量大小而分为大绒壳、中绒壳、小绒壳、绒极少的甚至称为“铁壳”。含绒量的多少取决于原料棉籽脱短绒时而定，如棉短绒行情价高畅销，厂商便会尽量多削去短绒。食用菌栽培中棉壳的大小就产量而言没有太大的差别。因为很多油厂产出大壳后加以粉碎便成了小壳以适应栽培要求。主要反映在食用菌栽培过程中会有装袋密度大小的技术性要求：小壳装袋密度太大会出现发菌通气不良；而大壳装袋时亦易使栽培袋破损。
在原料棉籽正常含水量同等时棉壳的颜色通常能看出棉壳质地好坏：如颜色发白（干枯样）、手握紧有刺痛感、无或只有极少量碎棉仁粉是由于追求高出油率而使用的剥壳机（特别是新型机器）破壳时棉仁粉碎率很低，至使含粉量低，当然影响颜色还有棉籽加工时的温度、工艺、过筛、以及破壳后存放的水份有关。此类棉壳西北部产量较多，新型机器加工的大型油厂基本都是。这种棉壳营养成份含量最差、价格低，适合种植木腐菌类。反之颜色呈棕褐、黄色等手握有棉绒软感、油腻感、碎棉仁粉多、用水适量搓洗水呈米汤色、乳白色等浓稠状，说明棉壳营养成份含量极高，相应出油率就低！通常是老式（磨盘）机器生产，此种棉壳长江流域、河南省等产区较多。价格普遍较高，适合种植草腐菌或要求营养成份高的菌类。